ธนาคารทรัพยากรชีวภาพแห่งชาติรับฝากเก็บเฉพาะจุลินทรีย์ที่สามารถดำเนินการเก็บแบบระยะยาวได้และจัดอยู่ในกลุ่มเสี่ยง BSL1 หรือ BSL2 เท่านั้น โดยจุลินทรีย์ที่รับฝากเก็บต้องมีคุณสมบัติดังต่อไปนี้

1. เป็นจุลินทรีย์อ้างอิง ประเภท holotype, paratype, lectotype, neotype, isotype, syntype, extype หรือจุลินทรีย์อ้างอิงรูปแบบอื่นที่เป็นที่ยอมรับในระดับสากล

2. เป็นจุลินทรีย์ที่ค้นพบในประเทศไทยเป็นครั้งแรก

3. เป็นจุลินทรีย์ที่อยู่ในบัญชี Rare list/Red list/IUCN list/Uncommon taxa

4. เป็นจุลินทรีย์ที่มีความทนต่อสภาวะแวดล้อมสุดขั้ว (extreme environment)

5. เป็นจุลินทรีย์จากสภาพแวดล้อมจำเพาะ (unique habitat)

6. เป็นจุลินทรีย์จากพื้นที่อ่อนไหว (sensitive area)

7. เป็นจุลินทรีย์ได้รับการจำแนกว่าเป็นชนิดเดียวกันกับที่เคยฝากเก็บแล้ว แต่พิสูจน์ได้ว่ามาจากแหล่งกำเนิด สภาพแวดล้อม สภาพภูมิประเทศที่แตกต่างกัน

8. เป็นจุลินทรีย์ชนิดที่ผ่านการพิจารณาจากคณะกรรมการวิชาการ